Em cooperação com o Hospital de Santa Maria e com o iMM, a Faculdade de Medicina de Lisboa integra o Centro Académico de Medicina de Lisboa, o qual defende um conceito inovador da organização dos centros de ensino, investigação e prática médica diferenciada.

A sua prática centra-se nos objetivos principais. São estes o incremento da atividade científica e o desenvolvimento da investigação de translação entre as Ciências Biomédicas e a Medicina Clínica, a diferenciação tecnológica e inovação nos serviços clínicos e o desenvolvimento dos programas de Formação Pós-Graduada, de Mestrado e Doutoramento para médicos e outros profissionais de Saúde.

Simultaneamente, decorre um programa de renovação institucional, pedagógica e administrativa, foram reforçadas as ligações científicas com as instituições académicas e de investigação biomédica mais prestigiadas internacionalmente, estimulada uma política de acolhimento e apoio aos seus estudantes com programas diversificados e “student–centred” de ensino baseado na investigação e estímulo à investigação científica, de modo a proporcionar uma visão alargada e objetiva dos grandes desafios da Medicina e da Saúde no século XXI.